童年
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巴赫的父亲，约翰·安布罗休斯·巴赫
1685年3月31日（儒略历3月21日），巴赫出生在神圣罗马帝国艾森纳赫。他的父亲约翰·安布罗修斯·巴赫本居住于艾尔福特，1671年才举家搬迁至艾森纳赫。安布罗休斯是镇上的音乐家，也是家族的第四代音乐家，他教导巴赫演奏小提琴和大键琴[10]，巴赫的母亲玛利亚·伊丽莎白·莱默希特（英语：Maria Elisabeth Lämmerhirt）是马车伕之女；两人育有八名子女，巴赫排行最小[11]。巴赫的伯父约翰·克里斯托夫·巴赫，也是其父亲的双胞胎兄弟，教导了巴赫关于管风琴的演奏艺术[12]。
巴赫8岁进入艾森纳赫拉丁语学校（德语：Martin-Luther-Gymnasium Eisenach），开始学习圣经、诗篇及路德宗教义，特别是德语和拉丁语的福音书和使徒书，这里恰好也是两世纪前马丁·路德的母校[13]。巴赫在校成绩不错，显然他歌喉很好，由只能唱赞美诗的诗班，升到周日在圣乔治教堂演唱经文歌和清唱剧的诗班[14]。
奥德洛夫
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巴赫的母亲死于1694年，他的父亲遂于同年11月底再婚，却在三个月后去世。10岁的巴赫成了孤儿，并住进了位于奥德洛夫的长兄约翰·克里斯托弗·巴赫（与叔叔同名）家里，由长兄扶养[14]。克里斯多福是一个职业教堂管风琴师，曾师从帕海贝尔[15]，他继续给予巴赫在艾森纳赫便开始的音乐教育；他教导巴赫弹奏大键琴，以及其他乐器的基本演奏技巧，还曾带他参观镇上教堂装设新管风琴的过程，这种种奠定了巴赫未来器乐造诣的基础[15]。
巴赫也帮忙分担家计，他的歌喉嘹亮、音域很广，表演所得的收入相当不错，但他没有放弃学习，继续在奥德洛夫拉丁语学校上课[14]。他还搜罗一批为数可观的神学著作，供闲暇时阅读消遣[14]。
克里斯多福让巴赫接触的作品有来自当时南、北德的大作曲家，也有法国人，例如卢利、路易·马尔尚（英语：Louis Marchand）、马兰·马雷，以及义大利人吉罗拉莫·弗雷斯科巴尔第（英语：Girolamo Frescobaldi）[15]。年轻的巴赫也许观摩学习了这些作曲家的作品。巴赫的手稿表明了他曾经为他哥哥抄总谱，但他的哥哥不鼓励他这样做，也许是因为觉得这样浪费了他的时间。[16]
后来由于兄嫂又生了一个儿子，克里斯多福的家庭很快便无法继续扶养巴赫，家族也没有人能提供他经济上的援助，巴赫便在15岁时离开奥德洛夫的学校[14]。不过，他由原学校的新任音乐教师埃利亚斯·赫尔达（Elias Herda）那里听说，约200哩外的吕讷堡，当地的圣马可教堂（英语：St. Michaelis, Lüneburg）有个专收穷人子弟的少年合唱团，这个团体共同领有一笔津贴，提供团员食宿。而由于赫尔达在介绍信中对巴赫歌喉的赞美，巴赫顺利得到教堂许可[14]。
吕讷堡
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吕讷堡的圣马可教堂
1700年3月，巴赫与他的好友埃德曼（Georg Erdmann）同行前往吕讷堡。他在圣马可教堂设立的拉丁语学校继续学业，并参与教堂的音乐生活[17]。学校里同样教授拉丁语、希腊语、逻辑、修辞学和神学。虽然唱诗班成员分到的零用金微薄，但巴赫靠著在婚丧典礼上献唱及街头表演的收入，还能勉强维持生活[14]。
除了拥有华丽的建筑外，圣马可教堂的音乐图书馆里还典藏了自16世纪中期以来丰富的手抄乐谱及印刷版本，曲目超过千首，包含上百位作曲者；拥有如此可观的乐作收藏，又有优秀的唱诗班，圣马可发展出精致的音乐传统[13]。巴赫在此既听也唱，朝夕受教会音乐的熏陶；马丁·路德创作的许多圣咏（Choral）后来给予巴赫创作的启发并磨练了他和声的技巧，而这种古老的音乐形式在巴赫未来无数的声乐作品中得到改良与推广[18]。
没多久巴赫也变声了，但他仍保有教堂的奖学金，且担任三位器乐师傅的助手，并继续磨练他毕生最熟练的乐器：小提琴、管风琴、大键琴[14]。在这段日子巴赫对乐器结构与特性的知识以及乐器的演奏技巧有了飞跃性的成长。巴赫此时认识了圣约翰教堂的管风琴师格奥尔格·伯姆（英语：Georg Böhm），伯姆早年即与巴赫家族结识，巴赫早期作品深受其影响[19]。1701年的暑假，巴赫步行30哩到汉堡，聆听圣凯萨琳教堂的琴师莱茵肯（英语：Johann Adam Reincken）（伯姆的老师）弹奏管风琴[20]，还听到北日耳曼的著名琴师文森·吕贝克（英语：Vincent Lübeck）的演奏，这给年轻巴赫带来强烈震撼，此后他多次旧地重游[21]。
回到吕讷堡后，巴赫也受到法国文化的洗礼。在圣马可教堂一所专为贵族子弟附设的学校（Ritterakademie）里充斥法国传来的新奇想法：学校里的学生流行以法语交谈、排演法国戏剧并以法国音乐伴奏，还聘请曾受教于卢利，吕讷堡伯爵的乐师萨勒（Thomas de la Salle）担任舞蹈老师[22]。在旁听后，巴赫下了不少功夫接近法国文化，尤其是在音乐上。萨勒对巴赫留下深刻的印象，甚至带他到策勒欣赏管弦乐团和管风琴的演奏，并接触了如库普兰等法国作曲大师的相关作品，这是巴赫音乐兼容并蓄的开端[22]。
初到威玛，阿恩施塔特与慕豪森（1703年－1708年）
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阿恩施塔特的新教堂，后为纪念作曲家改名为“巴赫教堂”
萨克森-威玛公爵，威廉·恩斯特
萨克森-威玛公爵，约翰·恩斯特三世
1703年1月，巴赫从圣马可毕业，并在应聘一个位于桑格豪森的管风琴师的职位被拒绝后不久，他被萨克森-威玛的约翰·恩斯特三世（与其兄威廉共治，但无实权）聘为宫廷音乐家，除了在公爵的礼拜堂演奏小提琴与管风琴，也处理一些与音乐无关的仆役工作。巴赫在威玛工作了七个月，建立了自己作为管风琴家的名声[23]。
后来巴赫被邀请到阿恩施塔特的新教堂（英语：Bach Church, Arnstadt），为其新完工的管风琴作检查，并举办了启用音乐会。在这个位于魏玛西南约40公里的古老小镇，巴赫家族与当地居民建立着良好往来[23]。1703年8月，他接受了在该教堂的管风琴师的职位，这个工作体面但并不繁重，而且能得到一份不错的薪水；然而虽然未在合约中载明，巴赫仍需兼任拉丁学校唱诗班的领唱者[24]。但良好的环境和热爱音乐的雇主并没有缓解巴赫和当局之间的紧张关系。巴赫显然是对唱诗班的水平不满，并缺乏成熟度解决相关的争端，他甚至还与一个名叫盖耶斯巴赫（Geyersbach）的巴松管手爆发肢体冲突，被写在1705年8月的法庭记录里[23]。
更严重的是，1705年至1706年，他在未经允许的情况下拜访了著名的风琴师和作曲家布克斯特胡德，并参与他在北德吕贝克圣玛利亚教堂的音乐会[25]。此次拜访布克斯特胡德的旅行，来回需要各徒步约400公里，他请了30天的假，却离职四个月，且未通知雇主，这成为他在1706年1月宗教法庭上被指控的“罪状”之一。这趟超过预期计划时间的旅程，强化了布克斯特胡德对巴赫早期风格的影响，也显示了在巴赫心目中布克斯特胡德的重要性[26]。从吕贝克返回的巴赫还带来了许多新奇的演奏想法，例如自由花俏的和弦与装饰音、不定性的转调与变奏等等，导致教友难以辨清圣咏旋律[27]。这些时人看来“怪异”的做法引发了投诉，教会当局在1706年2月及11月给予巴赫警告，但巴赫不是很在意[23]。
1706年末巴赫尝试角逐米尔豪森布拉修斯教堂（英语：Divi Blasii）的风琴师职位，并在1707年的复活节试奏后得到该份工作。在那里有更好的薪酬、更高的地位，而且最重要的是有更好的唱诗班[28]。同年10月，和他的第二代堂姐玛利亚·芭芭拉·巴赫（英语：Maria Barbara Bach）结婚[14]。巴赫此时已是经验丰富的管风琴师，负责监督教堂受损乐器的修复工作。在巴赫检查过布拉修斯教堂的管风琴后，他提议将之翻新，虽然费用昂贵，但教堂和米尔豪森市政府都予以核准。巴赫也为1708年的新议会就职典礼创作了清唱剧, BWV 71（英语：Gott ist mein König, BWV 71）《上帝是我的国王》，此作于同年付梓，除了是巴赫最早付梓的作品，也是他传世的清唱剧中唯一在其生前印刷出版者[13]。
尽管巴赫音乐造诣出众，他在慕豪森仍遇到一些问题——神学思想的争议。教堂的牧师弗罗内（J. A. Frohne）是虔信派信徒，担忧在仪式中过度使用音乐艺术的话，会增加世俗的诱惑[14]。教堂的前任管风琴师又是保守音乐风格的捍卫者，巴赫创新的音乐风格自然不太受欢迎，当地人将巴赫的革新乐风冠上“世俗化”、“野蛮”等字眼[14]。
威玛（1708年－1717年）
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巴赫在这样的背景下没有发挥才华的空间，而这时他又接到来自威玛的邀请。威廉·恩斯特公爵（英语：William Ernest, Duke of Saxe-Weimar）想聘巴赫担任宫廷乐师及管风琴师，取代年老体衰的约翰·埃弗勒（Johann Effler），并为他写作大量的礼拜音乐[29]。1708年6月，巴赫前往威玛通过试奏后便写信辞职。纵然如此，巴赫还是与慕豪森维持不错的关系，仍继续监督圣布拉修斯教堂的管风琴修复工程[14]。
到了威玛，巴赫薪资一夜倍增，在慕豪森的问题不复存在，因为公爵是虔诚的路德派信徒，同时热爱音乐，但其处理政事却是相当独裁，所幸公爵未将他的意愿强加在巴赫的创作上。巴赫在威玛的地位不但崇高，且有充分空间发展他对“完善规范的教堂音乐”的想法，因为公爵不容许如慕豪森的宗教理念冲突上演[29]。
巴赫乍到威玛其妻芭芭拉便生下长女卡特莉娜·多erina Dorothea Bach）；两年后，1710年11月，长男威廉·弗里德曼·巴赫（W.F. 巴赫）出生；三年后，芭芭拉生下一对双胞胎，早夭[30]；1714年3月，卡尔·菲利浦·艾曼纽·巴赫（C.P.E. 巴赫，其教父为泰勒曼）出生[31]。W.F. 巴赫与C.P.E. 巴赫后来成为著名音乐家。
威玛宫廷礼拜堂装置的管风琴，尽管才刚刚更新过，但巴赫仍说服公爵装置一套钟组，后来干脆要求重新装修[14]。巴赫的名声因著他对乐器的了解与精湛的演奏技巧而逐渐远播，邻近城市经常聘请他检查损坏的乐器或演奏管风琴。1713年，当哈雷的管风琴师出缺时，巴赫再度想要换个环境；而哈雷教堂当局马上对这个提议感兴趣，他们草拟了一份要求颇多的合约，但薪水始终令巴赫不满意。当巴赫在考虑哈雷的职缺时，公爵再度给他加薪，加强了巴赫续留威玛的决心；这令哈雷当局很恼火，指责巴赫以哈雷的机会为筹码，迫使老东家加薪挽留，但巴赫回信否认[32]。如同在慕豪森一般，巴赫依旧与哈雷保持好的关系，后来哈雷的新管风琴于1716年完成时，巴赫也受邀前往试奏，并得到皇家级的礼遇[14]。
1714年，巴赫升为副乐长，也就是乐团首席（Konzertmeister），有责每个月提供一出清唱剧，到1716年为止，他创作了约一个礼仪年的清唱剧；而时任乐长的儿子约翰·威廉·德雷西（Johann Wilhelm Drese）负责宫廷里的一切世俗音乐[14]。另外，此阶段巴赫的管风琴曲创作量居各阶段之冠，作品也臻至成熟，他成为欧洲最具代表性的管风琴演奏家兼作曲家[14]。他的演奏之高妙，很快便染上传奇色彩，与巴赫同时代的某人在聆听完他在卡塞尔为皇太子（未来的腓特烈·威廉一世）的演奏后写道：
“他的双脚仿佛长了翅膀般在脚踏板上飞驰，有力的音符如雷般响遍整个教堂，太子对巴赫的神技赞叹不已，一曲既毕，馀音尚绕梁之际，便脱下指上所戴著的宝石戒指，送给巴赫。”[14]
约1715年的巴赫肖像画（画中的人有争议）
在威玛的时日，巴哈还领导一批训练有素的歌者和乐手，这是一个小型的巴洛克式乐团，而他自己则演奏小提琴带领整个乐团，因此在作曲之馀还能培养指挥经验。同时地，巴赫仍对其他音乐家的作品非常感兴趣并苦心钻研，音乐先进国义大利作曲家（柯赖里、托雷里、韦瓦第等人）的作品尤其得到他的青睐并对他产生深刻的影响[33]。巴赫吸收了义大利的交奏曲式（ritornello form）与返始（da capo）的手法，并辅以本土的对位法特质，使他在创作时更注重主题和乐曲的简化，属于他自己的音乐正在形成[34]。
在有名的音乐收藏家与业馀作曲家约翰·恩斯特王子（英语：Prince Johann Ernst of Saxe-Weimar）（酗酒者约翰之子）的影响下（可能透过他收藏的作品），巴赫改编了许多作曲家（韦瓦第、泰雷曼、马切罗兄弟、恩斯特王子本人）的作品为键盘独奏曲（收录于BWV 592-596, 972-987）[35]，而此时对他最有影响的是威尼斯乐派的韦瓦第[36]。不断的学习使巴赫的作品愈趋成熟，摆脱了他过去曾让听众困惑的复杂风格，同时往他门下求教的学生也日益增多。在威玛的九年当中，巴赫写出许多杰出的管风琴作品[35]。
后来巴赫又陷入与他毫不相关的争论中。公爵的继承人，也就是他的侄子恩斯特·奥古斯都（英语：Ernest Augustus I, Duke of Saxe-Weimar-Eisenach），亦是性格独断之人，与公爵行事作风大不相同，两人经常发生争执。他们的部属处境为难，尤其是巴赫，他一直负责教导奥古斯都弹琴。当公爵耗尽耐性后，他宣布禁止所有乐师为他侄子演奏，而巴赫却无视了命令[29]。公爵疑似借机报复，1716年12月，当乐长老德雷西逝世时，他忽略巴赫而聘任才华逊色许多的小德雷西。巴赫可能是为表达对此事的不满，从此停止写作清唱剧[29]。
可这回他对奥古斯都的友谊却有了实质的回报。奥古斯都在1716年与安哈特-柯腾（英语：Anhalt-Köthen）的领主利奥波德王子（英语：Leopold, Prince of Anhalt-Köthen）的妹妹联姻，当柯腾的宫廷指挥辞职后，利奥波德自然而然想到雇用巴赫。而巴赫也对新的工作机会满怀憧憬，于1717年8月接受王子的邀请，支领薪水后不久便决定举家迁至柯腾[37]。清楚巴赫才华的威玛公爵知道他与奥古斯都及利奥波德的交往，拒绝接受他的辞呈，但巴赫死缠烂打，公爵便软禁了巴赫将近一个月才释放他。12月，巴赫终获自由，便启程前往柯腾，追寻事业的另一个起点[37]。
柯腾（1717年－1723年）
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利奥波德亲王
利奥波德亲王比巴赫年轻，颇有音乐素养，能奏多种乐器。但他是归正宗的信徒，礼拜仪式中仅使用简单的圣咏，这意味著宫廷乐师主要负责世俗音乐，著重器乐，而非教会音乐或管风琴曲。这对巴赫的创作而言是个大转向，不过这样的挑战在未来也同时是巴赫进化的动力[37]。
巴赫在柯腾担任宫廷乐长，即乐团指挥（Kapellmeister），这个职位备受尊敬，且薪水高达400塔勒（日耳曼各邦的货币购买力不尽相同，巴赫薪水在此相当于朝廷高官）[14]。王子21岁接掌宫廷后，致力恢复宫廷里的音乐风气，雇用的乐师从三名增至十七名，因此巴赫上任时接管的便是一个训练有素的乐队[14]。王子懂音乐且待巴赫亲切有礼。巴赫遇上一群优异的音乐家和识才的东主，激荡出大量出色的乐曲，尤其是器乐。此时期是巴赫一生中较未受干扰的时期，而从创作内容来看，巴赫已迈入他自己的成熟阶段[20]。
就在巴赫到了柯腾没多久，他再一次错失与韩德尔见面的机会。韩德尔原先已在英国定居，但在1719年他回到日耳曼寻找优秀的歌手[14]，并回到哈雷探视母亲，而哈雷离柯腾仅有20哩路程。巴赫一听说韩德尔返乡的消息，便立即兼程赶路去哈雷，希望能与之见上一面，遗憾的是韩德尔已返回英国[14]。
巴赫在这段时间发觉他的长子威廉有优异的音乐禀赋，于是决定尽力栽培他。巴赫写作《给W.F. 巴赫的键盘小册（英语：Klavierbüchlein für Wilhelm Friedemann Bach）》即是赠与他的长子，内容井然有序的教导年幼的孩子弹奏键盘乐器，从说明音谱记号开始，带领初学者由基本曲目一路登堂入室，直到领略较高深的作品[14]。而这本书其实也包含了部分的《平均律键盘曲集》和全套的《二声部与三声部创意曲（英语：Inventions and Sinfonias (Bach)）》；全书不仅是训练技巧，曲目的结构与聆赏性也有高度水准[38]。
第一号无伴奏小提琴奏鸣曲之手稿
然而，1720年5月，巴赫和王子一同前往卡尔斯巴德（今捷克卡罗维发利）温泉疗养地，7月回到柯腾时，妻子芭芭拉不幸离世，留下四个小孩[14]。同年汉堡的圣雅各教堂邀请巴赫角逐管风琴师的职位，巴赫不禁心动并登程赴会，虽然他因为柯腾的事务没能在指定日期试奏，但他精湛的琴艺汉堡市民有目共睹，并博得大师莱茵肯的赞美[14]。但后人不太清楚为何巴赫没有得到汉堡的职位，当局似乎很有意要聘请他，但汉堡有个不成文的陋规，即某些特定职位的合格人选必须付一笔钱才能取得职位，巴赫显然无法忍受[39]。
1721年3月，他将精心创作的六首管弦乐协奏曲献给布兰登堡总督克里斯蒂安·路德维希 (布兰登堡-施韦特)，推测应该是巴赫在卡尔斯巴德遇到总督时，接受其委托而献上的，虽然公爵未曾演出过它，但事实上这套作品已先在柯腾宫廷演奏过了，此即著名的《布兰登堡协奏曲》[40]。巴赫在柯腾时期之前没有机会与足够资源（完善的管弦乐团）创作协奏曲，此时正能全心发挥。在此期间巴赫也创作了著名的无伴奏小提琴奏鸣曲与组曲、无伴奏大提琴组曲、《平均律键盘曲集》的第一部分（24首）[41]。
芭芭拉去世17个月后，1721年12月，巴赫再婚，娶年仅20岁的安娜·玛格达莱娜·巴赫（原姓Wilcken）为妻，她的父亲是位宫廷小号手，母亲也具音乐背景，她本人则是歌手，薪水有巴赫的一半[39]。安娜与巴赫的孩子中包含后来也成为知名音乐家的约翰·克里斯多福·弗里德里希·巴赫（J.C.F. 巴赫）及约翰·克里斯蒂安·巴赫（J.C. 巴赫）。巴赫夫妻俩感情深厚，同为专业音乐家的身分也使他们更为亲近，两人的好感情可由他们共同完成的两本《给安娜的笔记本（英语：Notebook for Anna Magdalena Bach）》看出，此笔记本包含了《法国组曲》的前五首与《键盘组曲（英语：Partitas for keyboard (Bach)）》的第三、六首[14]。
然而巴赫再婚后一星期，利奥波德王子与他的堂妹弗里德里卡·亨丽埃塔（Friederica Henrietta）成婚。除了是公主对音乐不感兴趣，也可能是因为柯腾军费吃紧，导致王子裁减了乐团，音乐渐不复为柯腾宫廷的基调，巴赫愈发觉得在这里难以容身。后来他也许再度发觉自己的志趣是做个教堂乐师，也许是为了儿子的教育规划，巴赫开始为下一步打算[42]。
莱比锡（1723年－）
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J.H. 厄内斯提校长时期（1723年－1729年）
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圣多玛斯教堂
1722年6月，莱比锡圣多玛斯教堂音乐指挥库瑙（英语：Johann Kuhnau）在担任了该职务21年后逝世[14]。市议会讨论继任人选时首先想到泰勒曼，他刚受聘为汉堡的乐长，由于他曾于莱比锡担任管风琴师，市民相当推崇此决议。但泰勒曼却以与莱比锡的合同要挟汉堡当局为他加薪，市议会扑了空[14]。此前巴赫并未申请这个职位，因为他和泰勒曼是旧识。稍后巴赫应征时，与其竞争者有四人，包括圣多玛斯学校的校友，现任达姆城宫廷乐师的格劳普纳（英语：Christoph Graupner）。中选者是格劳普纳，但他因为东主不肯放人且予以加薪挽留，于1723年5月放弃莱比锡的职务后举荐巴赫[42]。
当局愿意聘用巴赫，但态度较消极。他们并不看重巴赫的管风琴技艺，因为指挥不需要这项技能；而巴赫的作品大多未出版，当局不清楚他在作曲上的才华；知名度方面，巴赫在当时当地仍差了泰勒曼与格劳普纳一截；且巴赫没有正式学历，当局对此相当看重[14]。尽管巴赫已是音乐全才，却难获得学院肯定。当局担心旧事重演，要求巴赫先得到公爵的免职书[14]。得到许可后，巴赫便申请该职务并获选。而当选后巴赫还得签署许多文件和通过神学测验，确认其思想没有问题才能上任，但耗时之长、手续繁琐以及数名议员曾反对聘用巴赫，种种迹象都显示巴赫过去的经历仍被当局所质疑[14]。
圣多玛斯教堂唱诗班指挥（也身兼圣多玛斯合唱学校的音乐教职，因为学校为教堂提供仪式的歌者）相当于莱比锡全城大小教堂的音乐总监，在新教德国的地位甚为重要；当地路德教派兴盛，长久以来担任此职务者莫不是备受景仰的音乐家[14]。但这个职务也不好胜任，虽直属于萨克森选侯，仍须服从学校、市议会和教堂当局等上级官僚；市议会科层严密，教堂则有权管理一切宗教仪式，神学和音乐都在管辖之列。而新职位的起薪还不到巴赫在柯腾的四分之一，这些得另外仰仗婚丧、教学的酬劳才补得过来[14]。巴赫的选择主要基于两个因素：莱比锡有圣托马斯学校与名声显赫的莱比锡大学，可以提供他的儿子良好教育；而巴赫自己似乎也有心在教堂音乐上继续深造[14]。6月巴赫正式就职，他让他的三个儿子进入圣多玛斯学校就学，并都加入唱诗班。但是巴赫发现学校状况不甚理想，学生人数多到不堪负荷，年迈的校长J.H. 厄内斯提（英语：Johann Heinrich Ernesti）对学生与老师难以管束，且学校硬体设施贫乏，加上作息刻板，学生生活品质恶劣。此时巴赫的家庭暂居于校舍中[43]。
巴赫在莱比锡使用的图章。由他的名字简写JSB镜射组合而成，上方的皇冠示其为宫廷作曲家
遗憾的是，在巴赫举家迁往莱比锡之前，利奥波德王子年轻的妻子却去世了，但巴赫没有回心转意。尽管王子没有慰留巴赫，他和王子的情谊并未因此改变，巴赫经常回到柯腾演奏音乐，并保有其宫廷乐长的荣誉头衔[14]；王子两年后再娶，巴赫曾为其新婚夫人献上一首祝贺生辰的清唱剧。然而王子却于1728年11月英年早逝，柯腾的宫廷音乐盛景不再。1729年3月，巴赫最后一次探访柯腾，指挥《马太受难曲》的片段作为王子丧礼上的音乐[14]。
作为莱比锡的音乐总监，巴赫负责监督城内四座主要教堂的音乐事务，特别是圣多玛斯教堂和圣尼古拉教堂周日冗长繁复的礼拜仪式[14]。巴赫初到莱比锡的几年，积极创作乐曲供教堂使用，至少为整个教会礼仪年提供五套的清唱剧，总数约有295首，但部份已佚失[44][45]；也因此在这段期间巴赫的创作量达到生涯巅峰。巴赫在莱比锡创作的清唱剧涵盖相当丰富的主题，由正统路德教义到新的虔信教义都有，巴赫以不同的曲风及形式搭配不同的主题。清唱剧的文本大多由巴赫的合作人，身兼诗人与编剧的皮坎德（英语：Picander）写成。巴赫还以他早期的清唱剧为基础，创作了一些经文歌供城市的隆重典礼使用[46]。
在柯腾游移不决的日子里，巴赫已著手写作《约翰受难曲》，1724年4月间，此作首度公演，巴赫认为在圣多玛斯教堂首演较理想，但市议会坚持受难曲轮流演出的惯例，要求于圣尼古拉教堂演出，巴赫只好从命[14]。稍后巴赫又向当局提出扩增楼厢与增添技工的请求，但当局却认为这些举措没有必要[14]。而在莱比锡这个相对自治的商业城市没有专业的宫廷乐师，所谓市乐师其实是由一群业馀人士组成的教堂乐手，他们在教堂和市府的典礼场合出席表演，巴赫只得忍著对乐手配置及其素质的不满[14]。
上任没有多久，当局的多头马车就对巴赫的工作造成困扰。圣保罗大学教堂（英语：Paulinerkirche, Leipzig）在1710年后，在宗教礼拜仪式上，除了少数特别庆节才举行的“旧仪式”（由圣多玛斯指挥负责）外，又新增了“新仪式”于每周日举行，当初库瑙费尽心力才取得该仪式的音乐指导权，后来圣保罗的琴师歌尔纳（J. G. Görner）自荐免费提供新仪式的服务，所以巴赫就职后便管不到这份差事[14]。这对巴赫来说颇有损失，因为他需要这份酬劳，也需要借此职务与大学建立关系。巴赫试著在旧仪式上表现他的技艺，但当局不怎么感动，给他的酬劳远比库瑙少了14塔勒，于是巴赫在1725年间接连写了三封信，向最高当局，也就是选侯奥古斯特二世陈情[14]。巴赫的请求起了作用，也因此得到和库瑙同等的待遇，但大学始终不愿将两种仪式都交给他负责。行动失败后，巴赫灰心的把旧仪式的业务交给一位学生处理；此举激怒了当局，他们本来就轻视巴赫的教育背景，巴赫如今的行为则令当局清楚表明不让他兼这份差[14]。
巴赫的雕像，位于圣多玛斯教堂前
类似的状况也在之后发生。1727年，一名贵族出身的大学生基希巴赫（Hans Carl von Kirchbach）自愿在大学教堂献一台弥撒，纪念萨克森选侯的亡妻。基希巴赫获得批准后，便编了一首丧礼颂诗，交给巴赫作曲[14]。大学当局却认为歌尔纳才是适当人选，当基希巴赫以曲子已完成为由拒绝歌尔纳作曲后，当局又告诉他曲子将由歌尔纳演出，没巴赫的份。在基希巴赫力争之下，当局用12塔勒安抚歌尔纳，却要求巴赫签署一份文件，保证今后若未得到当局同意，不得为圣保罗教堂提供任何音乐服务，而巴赫拒绝签署[14]。虽然当局打压巴赫，但莱比锡的学生却日渐与巴赫往来密切，刺激他创作出数首世俗清唱剧，还吸引不少大学生参与他的音乐，巴赫也不吝向其他音乐机构举荐他所青睐的学生[14]。后来巴赫在选择晚祷圣诗的职权受到圣尼古拉教堂一位助理执事的挑战，教会当局却偏袒执事；巴赫向市议会申诉后才得到平反[14]。
这段期间，巴赫也为世俗场合写作音乐。1727年，他为奥古斯特二世的诞辰创作一出特别的世俗清唱剧，于5月由基金会奖助学生在圣多玛斯教堂首演，排场盛大[14]。当年4月的圣周五，巴赫著名的《马太受难曲》首度公演，集结了当时莱比锡许多音乐人才作为演奏人员[47]。
1729年1月，萨克森-魏森费尔斯公爵克里斯蒂安（英语：Christian, Duke of Saxe-Weissenfels）到访莱比锡，为了表示敬意，巴赫创作并演出了《世俗清唱剧》（BWV 210a，即后来的《婚礼清唱剧（英语：O holder Tag, erwünschte Zeit, BWV 210）》）。其实巴赫在此前已曾与公爵接触，包含1713年的《狩猎清唱剧（英语：Was mir behagt, ist nur die muntre Jagd, BWV 208）》和1725年的《世俗清唱剧》（BWV 249a，即后来的《复活节神剧》），都是巴赫受委托而为公爵生辰谱写的作品。同年，巴赫获得了“萨克森-魏森费尔斯皇家宫廷乐长”的荣誉头衔，直到公爵1736年去世为止[48]。
巴赫与当局的抗争仍持续进行。1730年5月，当局要求他补足基金会奖学金学生的空缺，于是巴赫面试数位应征者并谨慎写下他的评估报告，但后来当局公布的通过名单与巴赫的评估出入甚大，显然当局忽视巴赫的意见[14]。一年后，市议会开会讨论巴赫的私德，指出巴赫忽略其教师责任、不假外出或未按规定申请出城赚取外快[43]；种种因素使得当局限制其上述的举动。巴赫虽然理亏但也同样对工作环境极为不满；同年8月，巴赫投书议会，长篇大论地指出莱比锡教堂音乐各方面的问题。这封信提供了读者当时音乐界的风貌，但它无助于化解冲突，当局也似乎没有直接回答巴赫的信[14]。
盖斯纳校长时期（1730年－1734年）
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盖斯纳校长，巴赫在莱比锡少数的盟友之一
在莱比锡的不愉快与此地的高物价水准，令巴赫再度萌生去意。而就在老校长厄内斯提去世的隔年，也就是1730年6月，新任校长盖斯纳（英语：Johann Matthias Gesner）就职[14]。盖斯纳本身是古典哲学的学者，曾任威玛大学预科学校（Weimarer Gymnasium）的校长，他非常欣赏巴赫的音乐才华，一上任便大幅改善不少校务。他改善硬体设备并调整学校的组织架构，也加强了音乐在课程的比重，以及整顿学生纪律等等[14]。盖斯纳令巴赫的工作环境舒适许多，他也向巴赫保证其赚外快的权利。在盖斯纳担任校长的这段期间，巴赫和当局至少能维持起码的和平共存[43]。
在这段期间，巴赫发掘了一批优异的歌手，最有名的当属克雷布斯（英语：Johann Ludwig Krebs）与谢梅利（Christian Friedrich Schemelli）。前者是巴赫在威玛的学生老克雷布斯（Johann Tobias Krebs）的儿子，也向巴赫学习管风琴，被认为是八首小前奏与赋格曲（BWV 553-560）的作者。后者是谢梅利歌本（Musikalisches Gesangbuch，内含BWV 439-507）的出版者老谢梅利（Georg Christian Schemelli）之子[14]。
齐默曼咖啡厅，1720年－1741年作为大学音乐社的演奏场所
1729年，巴赫便开始领导大学音乐社（英语：Collegium Musicum），此前库瑙（1688年）与泰雷曼（1702年）亦曾领导该组织[49]。大学音乐社，顾名思义，成员多为大学生，这群演奏者每周定期在齐默曼咖啡厅（英语：Café Zimmermann）演出音乐，此咖啡厅当初为名流聚集之所。音乐社领导人历来无不是名誉卓著的音乐家，这也能看出巴赫在当时莱比锡的音乐权威[50]。巴赫为大学音乐社改编或创作许多作品供其演奏，像是他的小提琴协奏曲（英语：List of orchestral works by Johann Sebastian Bach#Violin concertos (BWV 1041–1043)）和以早先作品改编的键盘协奏曲，以及部分的键盘练习系列（Clavier-Übung），皆为佳作；大学音乐社也激发巴赫创作数首世俗清唱剧，其中最知名的便是《咖啡康塔塔（英语：Schweigt stille, plaudert nicht, BWV 211）》，此作是巴赫最接近歌剧风格的一部作品[13][14]。
1733年2月，奥古斯特二世去世，他的儿子继位后，隔年加冕为波兰国王，改宗天主教，是为奥古斯特三世。巴赫利用这个机会谱写〈垂怜经〉与〈光荣颂〉，前者是为先王致哀，后者则是欢庆新王登基，不过作为天主教徒的国王自然没能听到作品在圣尼古拉教堂的首演[51]。而后来在巴赫去世的前一年，也就是1749年，巴赫才将这两首作品结合过去所创作的教会清唱剧片段，并加以发展，成为著名的b小调弥撒曲，此作和《马太受难曲》共同被视为巴赫毕生宗教与声乐作品的精粹[52]。7月底，巴赫将〈垂怜经〉与〈光荣颂〉献给奥古斯特三世，并附上一封要求承认的信。信中巴赫表达了在莱比锡职务上的不顺遂，且向国王要求了赐与自己“宫廷作曲家”称号一事[53]，好以抗衡当局对其的施压。虽然没有立即得到应允，巴赫仍如愿于1736年11月获颁此头衔，正式名称为“波兰皇家及萨克森选侯宫廷作曲家”[53]。
这段时期巴赫和萨克森首都德勒斯登也有了进一步的接触。在1730年代早期，他曾弹奏过当地圣索菲亚教堂（Sophienkirche）的管风琴。1733年6月，该堂的管风琴师出缺，巴赫推荐自己的长子W.F. 巴赫应征。当时威廉23岁，他试演的曲目是其父的《前奏曲与赋格》（BWV 541），技惊四座，顺利获得这份工作，巴赫于是更有理由时常拜访德勒斯登[14]。
1734年－1735年间，巴赫谱写了三部著名的神剧：《复活节神剧（英语：Easter Oratorio）》（仅修订，早先作于1725年）、《圣诞神剧》、《升天节神剧（英语：Lobet Gott in seinen Reichen, BWV 11）》。此时期的另一名作是《圣母赞主曲（英语：Magnificat (Bach)）》，此作最早写于1723年，是为当时的圣诞节而写，巴赫在1730年－1733年间调整了这首作品并演出[54]。
J.A. 厄内斯提校长时期（1734年－1742年）
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厄内斯提校长
盖斯纳担任校长仅四年，便于1734年离开莱比锡，担任哥廷根大学的教职。空缺由副校长J. A. 厄内斯提（英语：Johann August Ernesti）接任[14]。厄内斯提虽然年轻但学识渊博，他决心提高学校的学科素质，加重当代学科，并减少古典及神学课程的比重。厄内斯提亦认为音乐课程已经落伍，巴赫的作风更是不符合时代潮流[14]。
1736年，厄内斯提和巴赫无可避免的发生了一场冲突，令两人对峙长达两年之久[14]。冲突的成因源于厄内斯提侵犯巴赫的人事权，且巴赫认为厄内斯提擅自指派的学监无助于教堂音乐，于是提出异议，但被厄内斯提驳回。8月，两人相互向市议会指控彼此，后来巴赫向莱比锡教会会议申诉未果，便以其职衔向国王告状，但冲突的结果没有被官方所记录[55]。总之，两人从此成为死敌。厄内斯提仍继续降低学校音乐课程的比重，巴赫则越来越疏于教学。1740年，学校聘用一名新老师教授乐理，显然巴赫未善尽职责；他的教会音乐创作也大幅萎缩，唱诗班演唱旧作品的时候越来越多[14]。
事实上，巴赫的音乐倾向正在改变，他的研究和创作重心慢慢回到器乐，且开始重视出版自己的作品[14]。巴赫可能受到启蒙运动的影响，或对教会当局的幻灭，导致其宗教热忱在晚年逐渐消退[56]。巴赫领导大学音乐社的演出仍持续著，直到1737年暂时中断，1739年－1741年才又继续领导。这段期间以后巴赫也到各地检修管风琴，并拜访他的音乐家朋友[56]。随著巴赫的年老与时代的变迁，有些乐坛后辈开始批评巴赫的风格，或质疑巴赫适应新式作品的能力，例如沙伊伯（英语：Johann Adolf Scheibe）[57]，他的父亲是著名的管风琴制造者；但也有人为巴赫撰文辩护，例如比恩鲍姆（Johann Abraham Birnbaum）和大学音乐社成员米兹勒（英语：Lorenz Christoph Mizler）[58]。
巴赫的堂弟约翰·埃利亚斯·巴赫（Johann Elias Bach）于1737年借住在巴赫家中，为了在莱比锡研习神学[14]。这段时间埃利亚斯担任巴赫三个儿子的家庭教师，并帮巴赫草拟文书信件。埃利亚斯作客期间的书信往来，令后世得以一窥巴赫的家居生活。1742年，埃利亚斯离开巴赫的寓所，成为什文福的唱诗班指挥[14]。
晚年及逝世（1740年－1750年）
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巴赫在世的最后十年仍有新作品推出，并且其音乐更趋于逻辑化和深邃（但这不代表旋律及情感会被忽视），他将这种基调发挥在他最后的器乐杰作上[14]。1739年－1742年间，巴赫出版了《平均律键盘曲集》的第二部；1741年－1742年间出版《键盘练习》的第四部，又名《郭德堡变奏曲》。但他花费更多时间在修订及完成先前的创作上，例如清唱剧、弥撒、受难曲[20]。有趣的是，巴赫仍在学习，他开始复制、改编、扩增前人的作品，这些人包括帕莱斯特里纳[59]和一些巴洛克早、中期的作曲家，巴赫试图将从古至今所有可能的复调手法统合为一[60]。他也采纳了一些当代作曲家的音乐元素，例如韩德尔、许特策尔（英语：Gottfried Heinrich Stölzel）[61]；甚至编制并改写了年轻一代作曲家的作品，包括裴高雷西[62]、郭德堡（英语：Johann Gottlieb Goldberg）[63]，后者是巴赫的学生。
无忧宫里的室内乐。吹笛者为腓特烈大帝，弹琴者为C.P.E. 巴赫
1740年，就在普鲁士腓特烈大帝即位的同年，C.P.E.巴赫（巴赫第三子）获选为其宫廷的大键琴手，并负责为国王吹奏长笛时伴奏。在腓特烈的推动下，首都柏林逐渐成为当时的音乐重镇[64]。巴赫在1741年初赴柏林探望C.P.E. 巴赫，但稍后由于政治局势的问题，使得巴赫几年后才再访。1747年，巴赫应邀前往柏林近郊的波茨坦无忧宫聆赏皇家音乐，也试奏了国王向他展示的新乐器——古钢琴[65]。而巴赫素以即兴演奏闻名，国王便给了他一段长而复杂的主题（Thema Regium），令他当场即兴一首三声部赋格；巴赫做到了，但国王又以六声部赋格考验他，巴赫告诉国王自己需要足够的时间准备。有了这个动机，在巴赫回到莱比锡两个月后，便出版了以国王的主题发展的一套器乐作品，就是著名的《音乐的奉献》[66]。同年6月，他加入了由学生米兹勒创办的“音乐科学学会”（Correspondierende Societät der musicalischen Wissenschaften），为此他提交了《卡农变奏曲：我自天上来（英语：Canonic Variations on "Vom Himmel hoch da komm' ich her"）》作为入会证明，后来便出版了它[67]。
巴赫最后的传世之作是《赋格的艺术》，是在其生命的最后十年所作，但没有完成，直到巴赫逝世后才出版；事实上巴赫在1740年代早期就已写出这套作品的大部分，后来才加上两首赋格与两首卡农[66]。
巴赫晚年疑似患有糖尿病，且可能在1749年中之前已一度中风[68]。而大概也是从此时起，莱比锡市议会便开始讨论一旦巴赫去世，该选谁为继任人选。德勒斯登宫廷的一名官员布吕尔伯爵（Graf von Brühl）推荐戈特洛布·哈雷尔（Gottlob Harrer）为下任圣多玛斯教堂唱诗班指挥，于1749年6月8日举行试演会[69]。尽管巴赫的身体并没有差到随时会去世的地步，然而在生命的最后几年，白内障使巴赫的视力逐渐丧失。1750年，英国著名的眼科庸医约翰·泰勒（"Chevalier" John Taylor，他在1758年也替韩德尔治疗）刚好途经莱比锡，替巴赫的眼睛动了两次手术，但都没有成功[70]。后来巴赫的视力一度奇迹似的恢复，但十天后，也就是该年的7月28日，巴赫仍因为严重高烧导致的二次中风而病逝，享寿六十五岁。随后在莱比锡举行葬礼[14]。
市议会至此对巴赫的死无动于衷，给予巴赫生前的评价极为普通。而巴赫却意外地没有留下遗嘱，他死后房屋由九个在世的子女与遗孀安娜均分[14]。市议会当局似乎有意苛扣给付遗孀的救济金，而似乎也只有C.P.E.巴赫在这段时间给予继母安娜实质的帮助，提供J.C.巴赫（巴赫第11子）所需的教育。安娜从此在贫民救济院度过馀生，直到1760年2月也随巴赫而去[14]。